第二季中，达·芬奇继续追寻“真理之眼”的秘密，却陷入美第奇家族与教廷的致命博弈。他凭借天才发明与军事策略，在佛罗伦萨权力漩涡中周旋，同时与卢克雷齐娅的情感纠葛愈演愈烈。随着与马基雅维利的合作深入，一个关乎世界真相的惊天阴谋逐渐浮出水面——达·芬奇必须用智慧对抗背叛与暗杀，才能守护科学与自由的火种。