《深夜航班第二季》延续第一季的悬疑惊悚风格，故事发生在午夜12点的红眼航班上。乘客们登机后，诡异事件接连发生：有人凭空消失，有人看到已故亲人，机舱内温度骤降。空姐林婉调查发现，这架飞机曾发生过空难，所有乘客其实早已在20年前遇难，如今他们被困在时空循环中，每一次起飞都是死亡的重复。林婉必须解开诅咒，打破循环，否则所有人将永远困在这无尽的深夜航班中。随着真相揭露，乘客们的恐惧被放大，人性在黑暗中暴露无遗。最终，林婉发现唯一的逃生方式是让飞机坠毁，但代价是牺牲部分人。她做出抉择，航班坠入黑暗，少数幸存者醒来时发现自己躺在当年的空难现场。