新一季中，NCIS团队面临前所未有的信任危机。当一名退役海军的离奇死亡牵扯出军方高层腐败案，吉布斯与团队发现内部有人泄密。同时，新成员艾米莉亚·罗德里格兹带着神秘过去加入，她的真实身份成谜。调查过程中，托雷斯和毕肖普意外发现一个跨国间谍网络，而这一切竟与十年前一场未解的潜艇失踪案相连。随着真相逐渐浮出水面，团队内部出现裂痕，吉布斯必须在追查真相与保护团队之间做出抉择。最终，一场海上对决揭开惊天阴谋，但代价是有人永远留在了大海。