沉寂千年的八岐大蛇因核废水污染而苏醒，八头八尾肆虐东京，高楼崩塌、烈焰焚城。自卫队导弹攻击无效，大蛇的再生能力超乎想象。危急时刻，神社巫女美咲发现唯有传说中封印大蛇的草薙剑与天丛云剑才能克制它。她与考古学家联手，在废墟中寻得神器，却需一人献祭才能启动封印。美咲毅然以身为引，与大蛇同归于尽，东京恢复平静，但环境污染的警示永留人心。